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学术方面，闫晓军围绕空天动力科学与新技术开展研究，共发表SCI论文、EI论文数十篇，授权国家发明专利35项。他的研究成果应用于19型航天飞行器和10型航空发动机。获2003年全国百篇优秀博士论文、2006年教育部新世纪优秀人才、2014年教育部科技进步二等奖（排1）、2012年湖南省国防科技进步一等奖（排2）、2016年“航空强国中国心”教育基金突出贡献奖特等奖，2016年航空发动机及燃气轮机国家科技重大专项论证突出贡献奖，2007年国防科技进步三等奖（排1）等科教奖励。